Kejayaan Ahmad Zaharudin sebagai pemimpin UTM, terutamanya dalam memperkukuh peranan UTM dalam penyelidikan dan membina kerjasama kukuh antara universiti dan industri, telah meningkatkan reputasi UTM di peringkat nasional dan antarabangsa. Langkah-langkah yang diambil oleh beliau pada tahun 1994-2001 dapat dianggap sebagai langkah-langkah strategik yang bersifat mendahului masa.
Kejayaan Ahmad Zaharudin dalam memimpin UTM diiktiraf melalui kepercayaan yang diberikan oleh Perdana Menteri Malaysia iaitu Tun Dr. Mahathir Mohamad dan Tun Abdullah Ahmad Badawi, memberikan amanah besar kepadanya sebagai Penasihat Sains kepada Perdana Menteri. Tugas menasihati kerajaan dalam bidang sains dan teknologi b
ukanlah tugas baru baginya. Sebelum ini, sebagai Setiausaha Majlis Penyelidikan dan Kemajuan Sains Negara (MPKSN), beliau terlibat secara langsung dalam usaha untuk mewujudkan jawatan Penasihat Sains kepada Perdana Menteri pada tahun 1984. Pengalaman luas Ahmad Zaharudin dalam sains dan teknologi, merentasi pelbagai sektor termasuklah pertanian, pendidikan, pengurusan kualiti, penyelidikan, pembangunan dasar pengurusan korporat, dan kerjasama pintar, amat sesuai dengan amanah besar yang diberikan kepadanya.
Ahmad Zaharudin terlibat dalam program lawatan dan penyelidikan berkaitan pembangunan dan kerjasama strategik sains dan teknologi, termasuk lawatan ke benua Antartika pada Februari 2003 dalam Program Penyelidikan Antartika Malaysia (MARP). Sebagai Penasihat Sains kepada Perdana Menteri dari 2001 hingga Julai 2006, beliau juga menjadi Setiausaha Majlis Aeroangkasa Malaysia dari 2001 hingga 2004.
Sewaktu menjadi Penasihat Sains, Ahmad Zaharudin juga diberi amanah untuk memimpin beberapa badan yang berperanan untuk memajukan bidang sains dan teknologi. Antaranya, beliau telah dilantik sebagai Pengerusi bersama Malaysian Industry-Government Group for High Technology (MIGHT) yang berperanan membina dan memacu kerjasama teknologi melalui pembinaan asas kesepakatan antara sektor swasta dan kerajaan, dan perkongsian strategik bagi membentuk dan membangunkan teknologi termaju untuk kepentingan negara.
Pada tahun 2001, Ahmad Zaharudin turut dilibatkan dalam usaha kerajaan untuk membangunkan ekonomi berteraskan pengetahuan atau K-Ekonomi. Beliau menjadi ahli Majlis Kebangsaan Pembangunan Ekonomi Berasaskan Pengetahuan.
Selain peranan sebagai Penasihat Sains, Ahmad Zaharudin diberi tanggungjawab dalam mengurus dan memulihkan syarikat berkaitan kerajaan, Composite Technology Research Malaysia (CTRM) Berhad, yang menghadapi masalah pengurusan dan kerugian. Beliau, sebagai Pengarah Eksekutif dari tahun 2001 hingga 2005, berjaya memulihkan syarikat tersebut dan mendapatkan kontrak tempahan bernilai RM10 billion untuk membekalkan bahagian kapal terbang kepada Airbus.
Penglibatan Ahmad Zaharudin dalam urus tadbir korporat diteruskan dengan pelantikan beliau sebagai Pengerusi Perbadanan Bioteknologi Malaysia (MBC) pada tahun 2005. Beliau turut memainkan peranan penting dalam membangunkan Dasar Bioteknologi Negara yang dilancarkan pada April 2005. Melalui kepimpinannya, MBC menjadi pendorong kepada Bioekonomi Malaysia untuk memajukan bidang bioteknologi sebagai enjin pertumbuhan ekonomi.
Kecemerlangan Ahmad Zaharudin dalam bidang urus tadbir korporat turut terlihat melalui pelantikannya dalam beberapa syarikat dan badan penasihat sains dan teknologi antarabangsa. Beliau terus memberikan sumbangan kepada institusi pengajian terutamanya yang berfokus dalam sains dan teknologi.
Kesungguhan dan komitmen Ahmad Zaharudin dalam memajukan bidang kepakarannya, bersama dengan kepercayaan dan tanggungjawab yang diberikan kepadanya, menjadikan beliau contoh yang bermakna dan sentiasa memberi sumbangan bagi kemajuan negara.